Az elektronikus úton továbbított számlák tekintetében az alábbi lényeges előírásokat kell figyelembe venni mind a számlát kiállító, mind a számlát befogadó adóalanynak.

Az általános forgalmi adóról szóló 2007. évi CXVII. törvény (továbbiakban: áfa törvény) 259. § 5. pontja szerint elektronikus számlának minősül minden olyan, az Áfa törvényben előírt adatokat tartalmazó számla, amelyet elektronikus úton bocsátottak ki és fogadtak be. 2013. január 1-től elektronikus számlának minősül az elektronikus aláírással ellátott, illetve az elektronikus adatcsere-rendszerben (EDI) létrehozott számlázás mellett az olyan számla (elektronikus jelhalmaz) is, amelyet elektronikus úton továbbítottak és elektronikus formában tárolt le a számla befogadója. Az új szabályozás szerint például az e-mailben elküldött és befogadott PDF állomány is elektronikus számlának minősül. (2012. december 31-ig hatályos előírás szerint kizárólag az EDI rendszerben létrehozott, illetve az elektronikus aláírással ellátott számlák minősültek elektronikus számlának.)

A számviteli törvény 167.§ (1) bekezdés h) és i) pontjai előírják a gazdálkodók részére, hogy a bizonylatok könyvekben történő rögzítése során az elektronikus bizonylatok esetében is tüntessék fel a könyvelés módjára, az érintett könyvviteli számlákra történő hivatkozást, a könyvviteli nyilvántartásokban történt rögzítés időpontját, igazolását. A gazdálkodó a 167.§ (1) bekezdés h) és i) pontjában foglalt kötelezettségnek oly módon is eleget tehet, hogy a megjelölt adatokat, információkat és igazolásokat az eredeti (elektronikus vagy papíralapú) bizonylathoz egyértelmű, az utólagos módosítás lehetőségét kizáró módon fizikailag vagy logikailag hozzárendeli. A logikai hozzárendelés elektronikus nyilvántartással is teljesíthető. (Számviteli tv. 167.§ (7) bekezdés)

A könyvelésben történő rögzítés előírásainak betartása mellett az archiválás szabályait is alkalmazni kell. Az áfa törvény 179. § (2) bekezdése szabályozza, hogy az adóalanynak elektronikusan kell megőrizni a számla eredetének hitelességét, adattartalma sértetlenségét biztosító adatokat is. Az elektronikus formában megőrzött adatok tekintetében továbbra is figyelemmel kell lenni a digitális archiválás szabályairól szóló 114/2007. (XII.29.) GKM rendelet (továbbiakban: GKM rendelet) előírásaira. A GKM rendelet külön szabályokat állapít meg a legalább fokozott biztonságú elektronikus aláírással ellátott számla, az ilyen aláírással nem rendelkező számla, és az EDI rendszerben továbbított számla megőrzésére.

Amennyiben a számlát befogadó adóalany a fenti előírásokat nem tudja teljesíteni, abban az esetben kérheti az eladótól papír alapon kibocsátott számlát , mivel az áfa törvény 175.§ (3) bekezdés b) pontja szerint elektronikus számla kizárólag a vevő beleegyezése esetén bocsátható ki.

Előfordul, hogy a számlakibocsátó, illetve a partnerek közösen, papír alapon kibocsátott bizonylatként kívánják a PDF-ben küldött számlát kezelni. A számla vevő felé e-mailben történő továbbítása kizárólag abban az esetben tekinthető papír formában történő számlakibocsátásnak, amennyiben bizonyítható, hogy az e-mailben küldött csatolt (számla) kizárólag nyomtatás funkció alkalmazása esetén érhető el, azaz csak nyomtatható, és a mellékletet (számlát) számítástechnikai beállítás következtében nem lehet elmenteni. (Azaz a mentés funkció nem alkalmazható a csatolmánynál.) Ez a megoldás speciális informatikai alkalmazások esetén kivitelezhető, emiatt egyes esetekben előfordulhat az elektronikus és a papír alapon kibocsátott számla megkülönböztetésének problémája. A szükséges informatikai ismeretek hiányában ez a megoldás adókockázatot rejt magában, ezért amennyiben a felek papír alapon kívánják a számlakibocsátást teljesíteni, mindenképpen a papír alapon történő továbbítást javasoljuk.