Az alanyi adómentes vállalkozásoknak is keletkezhet áfa fizetési kötelezettsége az Áfa tv. speciális előírásai alapján.
A leggyakrabban előforduló adókötelezettség a külföldről igénybe vett szolgáltatások esetében fordul elő.
Amikor az alanyi adómentes vállalkozás hirdetési szolgáltatást vesz igénybe az EU másik tagállamában nyilvántartásba vett adóalanytól, úgy az igénybe vett szolgáltatás után belföldön adót kell fizetnie. Ennek érdekében a szolgáltatás megrendelését megelőzően közösségi adószámot kell kérnie, amivel az adóalanyi mivoltát tudja igazolni a külföldi partnere felé. A közösségi adószám bemutatása esetén a külföldi cég fordított adózással állítja ki a számlát, és az alanyi adómentes vállalkozásnak belföldön adófizetési kötelezettsége keletkezik, azonban a levonási jog nem illeti meg. A bevallást havi gyakorisággal kell benyújtania.
Amennyiben a magyar vállalkozás nem kér közösségi adószámot és feléje a szolgáltatást nyújtó letelepedése szerinti tagállam forgalmi adóját számítja fel kényszerűségből, nem mentesíti a magyar adóalanyt a belföldi adófizetési kötelezettség alól.
A harmadik országból igénybe vett hirdetési szolgáltatás után szintén kell belföldön adót fizetni, de ez esetben a közösségi adószám kiváltása nem szükséges.